Eestimaa Konsistooriumi koolide loetelu andmetel asutati Muuga kool 1786. aastal. Seetõttu on kahtlemata tegemist ühe vanima kooliga endises Simuna kihelkonnas. Koolmeistriks oli talupoeg Jaani Hans, kes pidas kooli oma talus. Ta oli talvel mõisateost ja koormistest vabastatud ning ainuke kihelkonnas, kel oli 25 õpilast.
Simuna kirikukroonika andmeil ehitas mõisahärra Peter Gustav von Uexküll - Güldenbandt Muuga –Noavere külla 1839.aastal koolimaja. Koolmeistriks sai samast külast pärit ning Simuna kihelkonnakooli lõpetanud Tomas Tanneberg, kelle õpetamise oskus ja kunst seisnud selles, et ise osanud vaevaliselt veerida, mida ta ka sama primitiivselt oma hoolealustele edasi õpetanud.
Paremaks muutusid kooliolud siis, kui Simunasse asus 1832.aastal edumeelne köster Willem Normann, kes asutas Põhja-Eestis ühe esimestest kihelkonnakoolidest. See kool oma kaheaastase kursusega hakkas ette valmistama esimesi õpetatud koolmeistreid ning Tomas Tannebergile järgnenud Muuga kooli õpetajad ongi enamuses kõik Normanni köstrikooli õpilased.
1862.a. ehitati uus koolimaja ning ametisse asus Karel Õis Rohust.Tema oli ühtlasi ka Muuga laulukoori asutaja. Et õpilaste arv järjest kasvas, siis tekkis vajadus avarama koolihoone järele. 1887.a. valmiski Rakvere–Mustvee maantee äärde uus koolimaja. 1919.a. muudeti kool nelja-klassiliseks. Kool töötas kahe jaoga ning seal oli 82 õpilast.
1929-1930. õ.-a. lammutati vana maja ning ehitati ajakohane kahekorruseline koolihoone. Maja oli plekk-katusega ning klassiruume oli neli. Lisaks saal, mis ühtlasi oli ka võimlaks ja jalutusruumiks. Eraldi oli käsitööklass ning selle ruumi ja saali vahel oli liikuv vahesein, millega sai saali veelgi avaramaks muuta. Internaadiruume oli kaks ja need paiknesid maja teisel korrusel. Internaadilastele olid eraldi pesuruumid, köök-söögituba ja toitude hoiuruumid. Omaette olid õpilaste riietehoiuruumid, käimlad ning õpetajate tuba. Õpetajate jaoks oli kolm korterit. Samuti oli üks tuba kooliteenija tarvis.
Kooli maa-ala suurus oli 15 ha, sellest põldu 5 ha, heinamaad 4 ha. Osa maa-alast oli koolimaja all ja osa mõeldud aia rajamiseks. Kõrvalhooneteks olid tall ja puukuur..
Töötasid vabahariduslikud organisatsioonid, peamiselt õpetajate algatusel ja kaasabil: Muuga Perenaiste Selts "EHA", Tuletõrje Ühing, laulukoor, orkester, näite- ja rahvatantsutrupp, millede ühiseks kooskäimise kohaks oli koolimaja.
1934.a. suvel hakkas regulaarselt kooli juures tööle Muuga Perenaiste Seltsi korraldusel lasteaed. Selles näis väga palju kasu olevat laste üldisele arenemisele- erinevus oli suur lasteaiast ja kodunt kooli astujate vahel.
Internaadile pandi alus 1930. aastal. Talvekuudel kasutas seda kuni 30 õpilast, kevadeti- sügiseti vähem.
1934/35 õ.-a. asutati õpilasorganisatsioonidena Kodutütarde ning Noorkotkaste rühmad. Kodutütreid juhendas õp. Amanda Ruuben ning noorkotkaid koolijuhataja Viktor Kuriks. Üks silmapaistvamaid õpetajaid tollel ajal oli Olga Peterson, kellele anti hiljem ka teenelise õpetaja aunimetus.
Tollal käis seltsi ja hariduselu Muugas hoogsalt tõusuteed - kogu koolimaja kajas hommikust õhtuni pillimängust, lauludest ja muust tegevusest. Kohalikele noortele oli piisavalt huvikohast rakendust. Pidude sissetulekud läksid kooli ja seltsielu toetuseks.
See töö ei leidnud kahjuks alati ajatormides väärilist hindamist ning ka selle koolimaja eluiga osutus liiglühikeseks. 19.septembril 1944.a. süüdati koolimaja lennukilt põlema ning maja hävis koos põhisisustusega. Päästa õnnestus üksnes koolikantselei, tiibklaver, osalt õppevahendeid ja raamatuid. Suur osa päästetud varast läks aga kaduma, sest puudus koht nende paigutamiseks. 1941.a. ametisse astunud koolidirektor Emil Langi eestvedamisel võeti koolihoonena kasutusele Muuga mõisahoone, mis oli väga halvas seisukorras. Katus katki ning kahes ruumis lagi sisse varisenud.Õppetööga suudeti alustada siiski 1. novembril 1944.a. See oli ühtlasi kuues koolimaja Muuga kooli eksisteerimise ajaloos.
Järk- järgult saadi juurde inventari. Parandati koolihoone katus, valgendati seinu ja lagesid, ehitati kaks pliiti koos soemüüridega. Rajati parki spordiväljak 333,3 m ringrajaga ning muude vajalike hüppekastide ning võrkpalliplatsiga.
1951.a. suvel tehti mõisahoones kapitaalremont. Ehitati vaheseinu ja pandi internaadi ruumidele uued põrandad. Samal aastal rajati kooliaeda kiviktaimla ning ehitati veetaimede ja kalade jaoks bassein.
Elektri püsivalgus saadi koolimajja 1955.aasta lõpus ning 1957.aastal paigaldati keskküte. Koolis tegutses ka naturalistide ring, mille juhendajaks oli direktor Emil Lang. Õpilased kasvatasid ja hooldasid pargis küülikuid. Nendega käidi ka Tallinnas näitusel ning koolile avaldati tehtud töö eest tunnustust. Direktori eestvedamisel rajati eeskujulik kooliaed koos statsionaarse kasvuhoonega, süvendati pargis tiigid ja lasti sinna kalamaimud, kooli rajati elavnurk. Direktor Langi perioodil oli koolis põhirõhk suunatud loodusele ja selle kaitsele.
E.Langi initsiatiivil ja isiklike pingutuste tulemusena püstitati Muuga pargis 1959.a. kirjanik Eduard Vilde mälestussammas, esimene Eestis (skulptoriks Fredi Sannamees).
1965.a. tähistati Muugas Eduard Vilde 100. sünniaastapäeva. Kirjaniku noorpõlvekodu majaasemel avati pidulikult suur põllukivi mälestustahvliga.Mõisahoones sisustati üks ruum Eduard Vilde memoriaaltoaks. Samal aastal restaureeriti ka mõisahoones vestibüül.
1973.a. alustas koolis tööd õpilaste silmaringi avardamiseks ja vaba aja sisukamaks muutmiseks õpilasklubi “Romantikud”. Nimetatud õpilasorganisatsioon püsis kuni 2007. aastani ning juhindus oma tegemistes juhtmõttest “ Sind ümbritsevast rikkussalvest korja üles iga iva!”
1981.a. tuli direktoriks Erika Tambi, kes tollase õppealajuhataja Asta Majamehe ning koos Laekvere sovhoosi juhtkonnaga hakkas otsima võimalusi mõisahoone restaureerimiseks. Mõni aeg hiljem alustati spordihoone ehitamisega ning 15. novembril 1986.a. oldi nii kaugel, et toimus spordiangaari pidulik avamine. Võimla olemasolu lõi paremad tingimused kehakultuuriga tegelemiseks.
1987.aasta talvise koolivaheaja järel oli kool sunnitud keskkütte avariist tingituna ümber asuma spordiangaari. Klassiruumidena võeti kasutusele kõik angaari abiruumid ja lisaks ka sportlaste riietusruumid. Tingimused õppetööks olid äärmiselt halvad – kimbutas ruumikitsikus ja ebapiisav valgustus. Kuueaastaste klass ja kooli söökla paiknesid majandi poolt antud kahes kolmetoalises korteris. Sellistes tingimustes õpiti-õpetati 7 aastat.
Mõisahoone restaureerimine võttis palju aega. Töö seisis vahepeal raha puudusel – ent siht oli rajatud, algus tehtud ning paljude ettevõtete ja inimeste väsimatu töö tulemusena said mõisahoone siseruumid siiski restaureeritud. Mõisahoone interjööri taastamisremont kestis ühtekokku seitse aastat ning töö lõpetati 1994.a. veebruaris. Esimene korrus sai põhikorrusest varem valmis ning algklassid kolisid mõisa tagasi 1992. aastal. Terve kool sai alustada tööd mõisas alates 1994. aasta viimasest õppeveerandist. Häärberi taasavamise aktus toimus 20.mail 1994.
Pärast restaureerimist hakkas koolis käima palju külalisi. Kool sai uue täispuidust koolimööbli, paranes klasside valgustatus, klassiruumidele kujundati vastavalt ajale ja kohale vastavad aknakardinad. Osaliselt saadi tagasi kunstiesemeid, mis pärast sõda siit Tallinna Kunstimuuseumi viidi.
2001.aasta suvel laastas keeristorm Muuga pargi põlispuudest ligi kolmandiku. Tormi järelmõjusid likvideeriti kaua.
2005.aastal restaureeriti kooli II korruse aknad, 2007. aastal I korruse aknad ja vahetati katus.